自“十二五”以來(lái)，九院學(xué)科建設(shè)水平不斷發(fā)展?，F(xiàn)醫(yī)院現(xiàn)擁有3個(gè)上海市臨床醫(yī)學(xué)中心（口腔臨床、整復(fù)外科、關(guān)節(jié)外科）和2個(gè)上海市臨床醫(yī)療質(zhì)量控制中心（口腔醫(yī)學(xué)、醫(yī)學(xué)美容）?？谇慌R床醫(yī)學(xué)、整復(fù)外科與組織工程學(xué)、外科學(xué)（骨科）現(xiàn)為國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科，心血管內(nèi)科為國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科組員單位（牽頭單位瑞金醫(yī)院）；口腔基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)現(xiàn)為國(guó)家重點(diǎn)培育學(xué)科。骨科、口腔頜面外科、牙體牙髓科、牙周科、口腔修復(fù)科、眼科、整復(fù)外科、口腔正畸科、口腔黏膜科、耳鼻咽喉-頭頸外科為國(guó)家臨床重點(diǎn)專科。口腔醫(yī)學(xué)、整復(fù)外科學(xué)、骨科學(xué)為教育部“十二五”“211工程”重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科?？谇火つげ】屏袨閲?guó)家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)?？?。九院目前還是英國(guó)愛(ài)丁堡皇家外科學(xué)院頭頸與腫瘤培訓(xùn)中心單位、口腔頜面外科醫(yī)師協(xié)會(huì)（IAOMS）口腔腫瘤外科與修復(fù)重建培訓(xùn)中心單位和口腔頜面外科內(nèi)固定學(xué)會(huì)（AOCMF）顱頜面分會(huì)培訓(xùn)中心單位。